Historia Żagania jest od XIX w. nierozłącznie związana z istnieniem na jego obrzeżach obozów, przeznaczonych dla jeńców wojennych. Najwcześniejszy ich rodowód – to 1813 rok. Z tego okresu zachował się zdewastowany cmentarz żołnierzy wojsk napoleońskich. Wojna francusko-pruska także w podobny sposób zaznaczyła tu swoje działanie. Kolejne zbrojne konflikty nie obyły się bez Żagania – stąd też cmentarze jenieckie z okresu I wojny światowej istnieją do dzisiaj.
Ale prawdziwa tragedia dla Żagania to czasy II wojny światowej. Urząd ds. Jeńców Wojennych uruchomił tu kompleks obozów jenieckich. W otwartym w 1939 r. Stalagu VIIIC przetrzymywano ok. 49 tys. żołnierzy. Wielu z nich nie wróciło do domu, zmarli z głodu, chorób, złego traktowania. Najmłodszym obozem żagańskiego “kombinatu” był utworzony wiosną 1942 r. obóz dla zestrzelonych lotników alianckich.
Dążenie do wolności jest odwiecznym wewnętrznym nakazem – i prawem – człowieka, a także żołnierza, który dostał się do niewoli. Ucieczki jeńców wojennych z obozów w III Rzeszy przybrały rozmiary masowe, a natężenie tego zjawiska rosło z roku na rok. Gdy w 1941 roku oficjalnie niemieckie statystyki zanotowały 15 tysięcy ucieczek, to w roku następnym było ich 19 tysięcy, zaś w 1943 roku uciekło z obozów już 33 tysiące jeńców.
Tu, ze Stalagu Luft 3 dokonano najbardziej brawurowej ucieczki, zakończonej zamordowaniem 50 jej uczestników w tym sześciu Polaków: majora nawigatora Antoniego Kiewnarskiego, porucznika pilota Stanisława Króla oraz poruczników nawigatorów: Włodzimierza Kolanowskiego, Jerzego Mondscheina, Kazimierza Pawluka i Pawła Tobolskiego. Ten historyczny epizod II wojny światowej znalazł bogaty oddźwięk w literaturze, filmie i znany jest w świecie jako “Wielka Ucieczka“. Ucieczka lotników z Żagania była największą z dotychczasowych. Wcześniej, 6 marca 1943 roku, z oflagu w Szubinie zbiegło 43 brytyjskich oficerów (w tym późniejsi jeńcy żagańscy Harry Day, Ian Cross), w nocy 19/20 września tegoż roku 47 polskich jeńców z Oflagu VI B w Doessel koło Wartburga, w dzień później – 67 Francuzów z oflagu XVIIA w Edelbach w Austrii, wreszcie nocą na 18 grudnia 1943 roku 54 francuskich szeregowców z Marlagu (obóz marynarki wojennej) koło Hamburga. Dopiero w pół roku później “rekord” ten miał być pobity przez 112 jeńców z powstania warszawskiego, którzy zbiegli z transportu na dworcu w Łodzi.
Żagańskie muzeum powstało w 1971 roku jako Muzeum Martyrologii Alianckich Jeńców Wojennych.
W 2009 roku, uchwałą Rady Miasta nazwę placówki zmieniono na Muzeum Obozów Jenieckich.